1. 运行管理模式。

中心实行校院两级管理，设主任一人，副主任三人，实行人员统一调配，设备、场地统一使用，实验教学任务统一安排的管理模式。

2. 实验室运行经费保障。

中心建设和运行经费由学校和学院负责，学校建立了经费运行管理制度，按照实验学生人数拨付经费用于日常运行与管理、耗材购买和设备维修与维护。

3. 实验室仪器设备的管理。

组织和吸收本校科研能力强、教学效果好的理论课教师或聘用校外相关科研院所、行业企业的专家教授，兼职从事中心的实验教学工作，开设综合性、设计性、研究性的实验项目，或做创新性开放课题的指导教师。

4. 实验室仪器设备的维护维修。

仪器设备的维修实行校院两级管理。对于电子类设备以及单价低于1000元的仪器设备由中心自行维修，超过1000元的仪器设备发生故障时，按照河南大学实验仪器设备维修管理办法，单台维修费5万元以下由学院批准维修，5万元以上报学校实验室与设备处批准维修，维修费学校承担80%，学院承担20%。